Nu het zwaardere werk! Ben ik daar al klaar voor? Nou ... nee. Maar een van mijn voornemens toen ik met DL begon was om te kijken of cardio echo-beelden automatisch zouden kunnen worden gediagnosticeerd. Die heb ik helaas (nog?) niet beschikbaar. Kaggle heeft echter een nieuwe 'contest' waar met MRI scans van harten moet worden gewerkt. "
Second Annual Data Science Bowl - Transforming How We Diagnose Heart Disease".
Dat lijkt er natuurlijk wel een beetje op. Complexe 2d beelden van het hart. Op basis hiervan moet de EF (ejection fraction) worden gemeten. Dat is een maat voor de hoeveelheid bloed die uit het linker ventrikel de aorta instroomt. Feitelijk blijkt er een schatting te moeten worden gemaakt van het systolische volume (het kleinste) en het diastolische volume (het grootste) van de linker hartkamer. Het verschil gedeeld door de diastolische waarde geeft dan de EF.
100∗VD−VSVD.
Uitdaging!!!
Er zijn 500 training studies gegeven en 200 test studies. Bij de teststudies staan geen uitkomsten. De ingeschatte waarden moeten berekend worden en vervolgens aan Kaggle aangeboden om een positie in 'het klassement' te kunnen verkrijgen. De waarden bij de 500 training studies uiteraard wel:
Id,Systole,Diastole
1,108.3,246.7
2,54.6,137.2
3,32.7,99.3
4,57.7,154.5
5,83.3,235.5
...
Het gaat om veel data. Zo'n 30gB alleen al voor de training. Elke studie bestaat uit meerdere, vaak 15 of meer, 'slices' oftewel doorsnedes van het hart waar meestal 30 plaatjes per slice zijn gemaakt. Steeds, zo te zien, gedurende 1 hartslag. De meeste slices snijden het hart 'dwars op de kamer' door zodat er als het ware 'van boven' in de kamers wordt gekeken. (sax- s ... axis) Vaak is er ook een 2ch-slice waarin de 2 kamers 'van de zijdoorsnede' te zien zijn en een 4ch-slice, waarin de 2 kamers en de 2 boezems zich tonen. De afbeeldingen zijn in het, blijkbaar medisch veelgebruikte dicom-formaat. (Digital Imaging and Communications in Medicine). Adobe Photoshop blijkt het te kunnen lezen en laat tussendoor (maar met een iets te klein venster) ook zien dat er veel metadata aan toegevoegd is. Om er iets meer gevoel voor te krijgen download ik ook
OsiriX lite (geïnspireerd op AsteriX? :-) Een viewer waarmee dit soort beelden mooi kunnen worden 'afgespeeld'.
Geen opmerkingen:
Een reactie posten